1 września 1939 roku jednostki wojsk niemieckich przekroczyły granicę Polski na całym odcinku Tatr i Pienin. Podczas kampanii wrześniowej na Podhale razem z Niemcami wkroczyła także armia słowacka która zajęła m.in. Zakopane, Nowy Targ, Krynicę, Tylicz i Czorsztyn. W Czorsztynie, który został zajęty przez wojska niemieckie bez większych walk zainstalował się oddział żandarmerii niemieckiej, a później także oddział Luftwaffe. Rozpoczęła się trwająca 5 lat okupacja w wyniku której w samym Czorsztynie życie straciło ponad 150 osób.
W Czorsztynie, tak jak na całym Podhalu wojna rozpoczęła się 1 września we wczesnych godzinach przedpołudniowych. Jako pierwsza została zajęta przez okupanta Szczawnica, gdzie doszło do wymiany ognia między Niemcami a patrolami wycofujących się jednostek Korpusu Ochrony Pogranicza, walczących w ramach armii Karpaty. Ze Szczawnicy Niemcy skierowali się szosą w kierunku Tylmanowej, gdzie doszło do potyczki i wymiany ognia.
Do wymiany ognia doszło także pod Czorsztynem gdzie miało miejsce ostrzelanie ze strony jednostek niemieckich które kierowały się na Nowy Targ. Na przełęczy Snozka czasowy opór stawiła kompania KOP-u wycofując się w kierunku Gorców. Czorsztyn został zajęty bez poważniejszych walk.
W Czorsztynie już w październiku 1939 roku zaczęła się organizować komórka konspiracji i placówek przerzutowych przez Słowację do Budapesztu. Pierwszym zadaniem nowej komórki była organizacja przerzutów żołnierzy września, którzy udawali się do Francji. Na ustalone punkty przerzutów uchodźcy, wyłącznie żołnierze września mieli przybywać na ustalone hasło. W Czorsztynie punkt kontaktowy mieścił się u Drohojowskich. Prowadziła go Teresa Drohojowska ps. Krokodyl.
W Czorsztynie pierwszymi ofiarami eksterminacji niemieckiej byli Drohojowscy: ojciec Stanisław i jego syn Adam. Po powołaniu w Nowym Targu cywilnych władz okupacyjnych w jesieni 1939 roku Stanisław Drohojowski zgodził się na przedłużenie kadencji wójta Gminy Czorsztyn, którą piastował w latach 1935-1938. Jak mówił objął tą funkcję „bo może będzie można ludziom pomóc” i został mianowany „komisarycznym wójtem Gminy Czorsztyn”.
„Jednak już w marcu 1940 roku na skutek denuncjacji sąsiada, został wraz z żoną Marią i synem Adamem aresztowany przez gestapo za posiadanie broni i radia. W trakcie śledztwa prowadzonego w Szczawnicy, Nowym Targu i Tarnowie, nie pomogły wyjaśnienia o posiadaniu przezeń pozwolenia na broń, wydanego przez komendanta Grenzschutzu z racji przechowywania w jego mieszkaniu kasy gminnej” – pisze w książce „Czorsztyn był i jest Stanisław Kostka Michalczuk.
Obaj Drohojowscy – Stanisław i Adam zostali wywiezieni do obozu KL Auchswitz, gdzie zginęli w odstępie kilku miesięcy. „Dwudziestoczteroletni Adam, jeszcze przed rokiem student Politechniki Lwowskiej, z obozowym numerem 497 zmarł na tyfus 23 grudnia 1940 r. Stanisław Drohojowski, z numerem 499, zmarł – również w obozowym szpitalu – 13 marca 1941 r. Usilne starania pozostałych w Czorsztynie córek sprawiły, iż otrzymały one urny z prochami obu zmarłych. Pogrzeb obu panów Drohojowskich odbył się w Sromowcach Wyżnych dopiero w 1946 r. Urny z prochami złożono w grobowcu Marcelego Drohojowskiego” – wspomina w swojej książce Stanisław Kostka Michalczuk.
W tym samym czasie co Stanisław i Adam Drohojowscy trafili do obozu koncentracyjnego w Auchswitz do obozu koncentracyjnego Ravensbrick trafiła żona Stanisława Maria. Dzięki okupowi jaki za pośrednictwem volksdeutscha z Krakowa został przekazany przez córki Niemcom została zwolniona z obozu i szczęśliwie powróciła do Czorsztyna 24 lipca 1941roku.
Córki Drohojowskich Anna i Teresa przez cały okres okupacji angażowały się w akcje konspiracyjne i walkę z okupantem. Teresa Drohojowska (ur. 1920), która po ukończeniu gimnazjum w Nowym Targu, studiowała na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego w swoim domu oprócz punktu konspiracyjnego prowadziła tez punkt sanitarny. Po leki oraz środki opatrunkowe jeździła rowerem do Krościenka i Nowego Targu.
Podobnie jak w całym kraju okupant na terenie Czorsztyna wprowadzał terror. Okupanci wprowadzili od razu zarządzenia, które dotyczyły m.in. zdawania aparatów radiowych, noszenia przez Żydów opasek z gwiazdą czy pełnienia przez ochotniczą straż pożarną dyżurów nocnych we wsiach. Okupant wydał też zarządzenie dotyczące przekazywania do posterunków żandarmerii lub policji informacji o tym, co dzieje się nocami we wsi. Wprowadzono także godzinę policyjną. Jednym z pierwszych zarządzeń władz okupacyjnych było także powołanie wójtów oraz ustanowienie władz gminnych. W Czorsztynie władze gminne reprezentował Jan Kurowski.
Niemcy w Czorsztynie zajęli także na potrzeby wojska kilka przedwojennych willi. Na wiosnę 1942 roku na teren działania placówek pienińskich skierowane zostały oddziały Wehrmachtu. Do Czorsztyna przybyła kompania Luftwaffe, która kwaterowała w domach Kozickiej. Inne oddziały kwaterowały natomiast w willi „Zbyszek”. Latem 1942 w powiecie nowotarskim zakończono likwidację Żydów. Z placówek Sieci Żydów wywieziono do getta w Nowym Targu, gdzie po selekcji wysłano ich do obozów śmierci. Ze Szczawnicy w latach 1940-42 wywieziono około 350 Żydów, z Krościenka 282, z Czorsztyna 120.
Z Podhala do obozów koncentracyjnych wysłano ogółem około 120 osób związanych z dywersją, zajmujących się przerzutami granicznymi, aresztowanymi za słuchanie i rozpowszechnianie komunikatów radiowych z Londynu. Z Czorsztyna do obozów koncentracyjnych wysłano 40 mieszkańców, a 5 osób zostało zastrzelonych na granicy.
Okupacja niemiecka w Czorsztynie zakończyła się w listopadzie 1944 roku wraz z przybyciem wojsk radzieckich.
